波希米亚地区在罗马帝国时期为一支叫波希人的凯尔特人的聚居地。公元前1世纪，日耳曼人迁入，斯拉夫人亦于公元6世纪迁入波希米亚。由于日耳曼人为主的神圣罗马帝国的强大，波希米亚的日耳曼裔贵族成立了一个独立王国，君主由推举制产生。
1306年波希米亚王族绝后，哈布斯堡家族的鲁道夫一世以外戚身份继承波希米亚王位。但在15世纪，由于直言极谏的布拉格大学教授扬·胡斯，被罗马教廷以火刑处死，波希米亚居民愤而改宗胡斯教派，而哈布斯堡家族信仰的是天主教。因此，哈布斯堡家族的王位继承权备受挑战。1555年，哈布斯堡君主签署奥格斯堡宗教和约，授与波希米亚人宗教自由。这些宗教宽容政策，令哈布斯堡君主一直被选为波希米亚国王。
1517年德意志的马丁路德推行宗教改革以来，新教就广传于欧洲。1617年，狂热的天主教徒斐迪南二世继承他的表哥成为神圣罗马皇帝，一改诸先王作风，不再对新教采取容忍政策，导致他落选波希米亚国王。斐迪南为夺回王位，决定征服波希米亚，导致三十年战争的爆发。
三十年战争过后，波希米亚仍由奥地利哈布斯堡王朝统治，但依然保持为一个独立的王国，拥有自己的政府。直至1743年，波希米亚成为奥地利帝国统治下的一个构成国，德语成为唯一的官方语言，捷克语则是方言。
第一次世界大战后，奥匈帝国解体，波希米亚成为东欧新国家捷克斯洛伐克的一个行省。1993年，成为捷克共和国一重要组成部分。